Parabricks – NVIDIA 技術博客 http://www.open-lab.net/zh-cn/blog 閱讀開發者創建的最新技術信息、頭條新聞 和內容。 Thu, 22 May 2025 05:35:26 +0000 zh-CN hourly 1 196178272 聚焦:Atgenomix SeqsLab 提升健康組學分析以支持精準醫療 http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/spotlight-atgenomix-seqslab-scales-health-omics-analysis-for-precision-medicine/ Mon, 19 May 2025 05:31:48 +0000 http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=13926 Continued]]> 在傳統的臨床醫學實踐中,治療決策通常基于一般準則、以往經驗和試錯方法。如今,隨著電子病歷 (EMRs) 和基因組數據的訪問, 精準醫療 的新時代正在興起,即以前所未有的準確性為單個患者量身定制治療方法。精準醫療是一種創新的醫療保健方法,通過考慮基因組中的個體可變性來定制疾病預防和治療。 本文將探討 Atgenomix SeqsLab 平臺如何使用 NVIDIA Parabricks 和 RAPIDS Accelerator for Apache Spark (Spark-RAPIDS) 來集成健康組學見解或大規模生物數據。這種集成使精準醫療的應用范圍更廣,超越理論,走向實用、廣泛的臨床應用。 EMR 與基因組測序和其他健康組學數據的集成具有極高的計算要求。單個全基因組測序 (WGS) 數據集的每個患者容量可超過 300 GB,并且與蛋白質組學、

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借助 NVIDIA Parabricks 和 NVIDIA AI Blueprints,將基因組學和單細胞分析時間縮短至幾分鐘 http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/shrink-genomics-and-single-cell-analysis-time-to-minutes-with-nvidia-parabricks-and-nvidia-blueprints/ Fri, 21 Mar 2025 09:13:19 +0000 http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=13269 Continued]]> NVIDIA Parabricks 是一款可擴展的基因組學分析軟件套件,通過加速計算和深度學習解決 omics 挑戰,實現新的科學突破。 NVIDIA Parabricks v4.5 在 NVIDIA GTC 2025 上發布,通過支持最新的 NVIDIA GPU 架構,并通過結合使用 Giraffe 和 DeepVariant 來改進對齊和變體識別,從而支持不斷增長的數據量。該版本還包括改進的功能,并縮短了跨多個行業領先工具 (包括 STAR、FQ2BAM 和 Minimap2) 的分析時間。 Parabricks v4.5 隨附用于基因組學和單細胞分析的全新 NVIDIA AI Blueprints,使生物信息學家和基因組學平臺提供商能夠輕松部署和測試 NVIDIA Parabricks 和 NVIDIA RAPIDS,而無需本地 GPU 或自管理云配置。通過擴展可訪問性,

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借助 Geneformer AI 模型,有限數據也能解鎖基因網絡 http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/unlock-gene-networks-using-limited-data-with-ai-model-geneformer/ Mon, 15 Jul 2024 05:20:21 +0000 http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=10655 Continued]]> Geneformer 是最近推出的 和功能強大的 AI 模型,可以通過從大量單細胞轉錄組數據中進行遷移學習來學習基因網絡動力學和相互作用。借助此工具,研究人員可以在數據有限的情況下準確預測基因行為和疾病機制,從而加速藥物目標的發現,并提高對各種生物學背景下復雜基因網絡的理解。 AI 模型 Geneformer 由麻省理工學院和哈佛大學博德研究所的研究人員及其合作者開發,該模型使用 sc-RNA 表達數據中表達最高的基因生成每個細胞的密集表示,這些表示可以用作各種下游預測任務的特征。然而,Geneformer 的獨特之處在于其架構所支持的功能,即使在使用很少的數據進行訓練時也是如此。 Geneformer 具有類似 BERT 的 Transformer 架構,并基于來自各種人體組織中大約 3000 萬個單細胞轉錄組的數據進行了預訓練。

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借助 NVIDIA Parabricks v4.2 加速任何測序器的基因組分析 http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/accelerate-genomic-analysis-for-any-sequencer-with-parabricks-v4-2/ Mon, 30 Oct 2023 06:40:50 +0000 http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=8081 Continued]]> Parabricks 4.2 版現已發布,進一步推進了其使命,即在基因組學測序分析中提供前所未有的速度、成本效益和準確性。最新版本為 Oxford Nanopore 測序提供了新的加速工作流程(在精選圖像中),使 Parabricks 能夠在最新的 NVIDIA GPU 上運行,并進一步推進了 Parabricks 的加速深度學習變體識別計劃,以支持來自所有主要測序器類型的數據類型。 Parabricks v4.2 包含了升級的 WDL 和 NextFlow 工作流,這被視為部署 Parabricks 工具的最佳實踐。您可以在 Parabricks 工作流程 GitHub 庫中找到,包括短讀和長讀工作流。 最新版本的 Parabricks 提供更新的 Oxford Nanopore 種系工作流,可在 NVIDIA H100 GPU 上提供高速分析。

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使用 RAPIDS-singlecell 進行 GPU 加速的單細胞 RNA 分析 http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/gpu-accelerated-single-cell-rna-analysis-with-rapids-singlecell/ Tue, 27 Jun 2023 06:19:06 +0000 http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=7268 Continued]]> 單細胞測序已成為生物醫學研究中最突出的技術之一。它在細胞水平上破譯轉錄組和表觀基因組變化的能力使研究人員獲得了有價值的新見解。因此,單細胞實驗的規模和復雜性增加了 100 多倍,涉及 100 多萬個細胞的實驗越來越普遍。 但是,必須在高度迭代的過程中對結果數據進行分析。至關重要的是,快速算法用于這些迭代步驟,以實現快速周轉時間。 為了使用 Python 進行更一致的單細胞分析,scverse致力于構建一個完整的生態系統,以幫助研究人員進行分析。該生態系統的核心是一種數據結構,它可以在整個數據處理管道中維護各種轉換的注釋,從而實現單細胞分析。 AnnData 是一個 Python 包,用于處理內存和磁盤上的注釋數據矩陣,是 Scanpy 庫,是 scverse 生態系統中的主要單細胞分析套件。Scanpy 構建在 PyData 生態系統中常見的其他庫之上,如 NumPy 、

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NVIDIA Parabricks 4.1 中的長讀測序工作流和更高吞吐量 http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/long-read-sequencing-workflows-and-higher-throughputs-in-nvidia-parabricks-4-1/ Tue, 21 Mar 2023 07:30:23 +0000 http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=6564 Continued]]> 即將發布的 NVIDIA Parabricks 是一套加速的基因組分析應用程序,它在加速測序比對和提高深度學習變體調用的準確性方面比以往任何時候都更進一步。該版本包括 PacBio 長讀數據的新工作流程,包括加速的 Minimap2 工具和谷歌的 DeepVariant ,用于對 PacBio 數據進行完整的 GPU 端到端分析。 NVIDIA Parabricks 可以免費使用,并提供付費企業支持選項。它包含各種優化的、基于人工智能的行業標準基因組工具,比基于 CPU 的工具提供高達 80 倍的加速,并將計算成本降低高達 50% 。與 CPU 上的約 24 小時相比,現在只需 16 分鐘即可分析 30 倍的全基因組,相當于每年在一臺服務器上分析多達 30000 個全基因組。 注冊以獲得 Parabricks 4.1 release 的通知,

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Clara Parabricks 3.7 為基因小組帶來了優化和加速的工作流程 http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/clara-parabricks-3-7-brings-optimized-and-accelerated-workflows-for-gene-panels/ Tue, 18 Jan 2022 03:56:00 +0000 http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=2808 Continued]]> 由 GPU 驅動的 NVIDIA Clara Parabricks v3 的最新版本。 7 包括對種系變體調用者的更新、對 RNA 序列管道的增強支持以及基因面板的優化工作流程。現在有超過 50 種工具, Clara Parabricks 為臨床和研究工作流程中的基因面板、外顯子組和基因組提供準確和加速的基因組分析。 迄今為止, Clara Parabricks 已經證明,與基于 CPU 的環境相比,用于全基因組工作流程( 22 分鐘內完成端到端分析)和外顯子組工作流程( 4 分鐘內完成端到端分析)的最先進生物信息學工具的速度提高了 60 倍。大規模測序項目和其他全基因組研究能夠在單個 DGX 服務器上每天分析 60 多個基因組,同時降低了相關成本,產生了比以往任何時候都有用的見解。 包括 泰國國家生物銀行 、 人類基因組中心與東京大學 、 基因組學研究院 、 圣路易斯華盛頓大學 、

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