Molecular Dynamics – NVIDIA 技術博客
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Thu, 20 Apr 2023 03:45:59 +0000
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GROMACS 2023 中的 CUDA 圖指南
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/a-guide-to-cuda-graphs-in-gromacs-2023/
Fri, 14 Apr 2023 03:39:26 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=6734
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GPU 隨著新一代的出現而不斷加快,通常情況下 GPU 上的每個活動(如內核或內存拷貝)都會很快完成。在過去,每個活動都必須由 CPU 單獨安排(啟動),相關的開銷可能會累積起來,成為性能瓶頸。 CUDA Graphs功能通過將多個 GPU 活動安排為單個計算圖來解決這個問題。 這篇文章描述了 CUDA Graphs 最近是如何被GROMACS,是一個用于生物分子系統的模擬包,也是世界上使用率最高的科學軟件應用程序之一。我們將介紹 CUDA Graphs 和 GROMACS ,描述我們將 CUDA Graphs 集成到 GROMACS (以及與 GROMACS 共同設計)中的工作,展示性能結果,并向您展示如何在 GROMACS 中使用 CUDA Graphs 經過 NVIDIA 和core GROMACS developers,以充分利用現代 GPU 加速服務器。有關更多詳細信息,
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通過 GROMACS 大幅提高多節點 NVIDIA GPU 的可擴展性
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/massively-improved-multi-node-nvidia-gpu-scalability-with-gromacs/
Thu, 09 Feb 2023 02:54:24 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=6266
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GROMACS 是一種廣泛用于模擬生物分子系統的科學軟件包,在理解對疾病預防和治療重要的重要生物學過程中發揮著至關重要的作用。 GROMACS 可以并行使用多個 GPU 以盡可能快地運行每個模擬。 在過去幾年中, NVIDIA 和 主要 GROMACS 開發人員 合作進行了一系列多 GPU 和多節點優化。 在這篇文章中,我們展示了這些改進中的最新進展,通過啟用 GPU 粒子網格 Ewald ( PME )分解和 GPU directcommunication :新 GROMACS 2023 發布版本中提供的一項功能。我們觀察到,通過這項工作,性能提高了 21 倍。 在 之前的文章 中,我們對單個節點內的多 GPU 可伸縮性進行了優化,包括 GPU direct 通信的開發。我們描述了 GROMACS 通常如何將一個 GPU 分配給 PME…
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基于 NGC 的深勢工作流加速分子模擬
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/accelerated-molecular-simulation-using-deep-potential-workflow-with-ngc/
Mon, 15 Nov 2021 07:24:00 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=2333
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幾十年來,分子模擬界在模擬勢能面和原子間作用力時面臨著精度與效率的兩難選擇。深勢,人工神經網絡力場,通過結合經典分子動力學( MD )模擬的速度和密度泛函理論( DFT )計算的準確性來解決這個問題。 1 這是通過使用 GPU – 優化包 DeePMD-kit 實現的,這是一個用于多體勢能表示和 MD 模擬的深度學習包。 2 這篇文章提供了一個端到端的演示,演示如何為二維材料石墨烯訓練神經網絡潛力,并使用它在開源平臺大型原子/分子大規模并行模擬器( LAMMPS )中驅動 MD 模擬。 3 培訓數據可從維也納從頭算模擬軟件包( VASP )獲得 4 ,或量子濃縮咖啡( QE )。 5 分子建模、機器學習和高性能計算( HPC )的無縫集成通過分子動力學和從頭算準確性—這完全是通過基于容器的工作流來實現的。利用人工智能技術擬合 DFT 產生的原子間作用力,
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在 NVIDIA GTC 上通過專業可視化課程探索最新的圖形
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/explore-the-latest-in-graphics-with-professional-visualization-sessions-at-nvidia-gtc/
Tue, 19 Oct 2021 07:34:00 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=2057
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圖形技術的最新突破正在提升跨行業的工作流程,您可以在 11 月 8 日開始的 NVIDIA GTC 體驗這一切。 有幾個 GTC 課程供專業內容創作者、工程師和開發人員參加,他們希望探索 NVIDIA 加速的新工具和技術。 我們將展示 NVIDIA 是如何為實時光線跟蹤技術和高級 AI 功能提供動力的,這些技術和功能可以幫助用戶更快地構建逼真的可視化效果和 3D 內容。與會者將聽取特別嘉賓演講,如 ARM A 聯合創始人邁克爾·伯哈努和 Ele CTR onic Arts 研究總監康拉德·托爾馬爾。 免費注冊并探索增強圖形工作流程的所有新方法。 輸入 Omniverse 進行產品設計和制造 從制造到設計和工程, Omniverse 有可能徹底改變我們的建造方式。加入本課程,深入了解制造業的未來。 RTX 光線跟蹤 101 :
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使用 MPS 和 MIG 通過每個 GPU 的多個模擬最大化 GROMACS 吞吐量
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/maximizing-gromacs-throughput-with-multiple-simulations-per-gpu-using-mps-and-mig/
Fri, 08 Oct 2021 06:44:00 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=1917
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GROMACS是一個用于生物分子系統的模擬軟件包,是世界范圍內使用率最高的科學軟件應用程序之一,也是理解重要生物過程(包括當前新冠病毒大流行的基礎)的關鍵工具。 在以前的職位中,我們展示了最近與核心開發團隊合作進行的優化,這些優化使 GROMACS 在現代多 GPU 服務器上的運行速度比以前快得多。這些優化包括將計算和通信卸載到 GPU ,后者對于那些可以有效地將多個 GPU 并行用于單個模擬的相對較大的情況尤其有利。有關最新異構軟件引擎的并行化和內部工作的更多信息,請參閱GROMACS 中分子動力學模擬的非均勻并行化和加速。 另一個越來越常見的工作流涉及運行許多獨立的 GROMACS 仿真,其中每個仿真都可以相對較小。 NVIDIA GPU 的規模和能力不斷增加,但通常情況下,相對較小的仿真系統的孤立單彈道仿真無法充分利用每個系統上的所有可用計算資源 GPU 。 但是,
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