TJ Chen – NVIDIA 技術博客
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Tue, 17 Jun 2025 08:01:06 +0000
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借助 RAPIDS 單細胞技術推動十億細胞分析和生物學突破
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/driving-toward-billion-cell-analysis-and-biological-breakthroughs-with-rapids-singlecell/
Thu, 12 Jun 2025 07:56:29 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=14258
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細胞生物學和虛擬細胞模型的未來取決于大規模測量和分析數據。在過去 10 年里，單細胞實驗一直以驚人的速度增長，從數百個細胞開始，現在轉向使用數十億個細胞進行新的數據生成工作。 虛擬細胞模型還生成了數十億個虛擬細胞。大量數據和新開發的模型將幫助科學家發現新的生物學、開發新的療法，以及研究和闡明疾病和衰老的進展。 數據處理和分析是下游生物解釋和模型構建的關鍵。隨著數據的極端增長，出現了兩個關鍵的數據處理挑戰，極大地限制了對這些大規模數據集的科學認識和解釋： 歸一化、降維、聚類和批量集成等分析步驟對于單細胞數據分析、解釋和模型開發至關重要。RAPIDS-singlecell 是一款經MIT許可的開源工具，由scverse開發，可應對數據規模和分析速度方面的挑戰。它通過CuPy和NVIDIA RAPIDS利用GPU加速，直接在社區標準AnnData數據結構上運行。
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14258
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借助 NVIDIA Parabricks 和 NVIDIA AI Blueprints，將基因組學和單細胞分析時間縮短至幾分鐘
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/shrink-genomics-and-single-cell-analysis-time-to-minutes-with-nvidia-parabricks-and-nvidia-blueprints/
Fri, 21 Mar 2025 09:13:19 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=13269
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NVIDIA Parabricks 是一款可擴展的基因組學分析軟件套件，通過加速計算和深度學習解決 omics 挑戰，實現新的科學突破。 NVIDIA Parabricks v4.5 在 NVIDIA GTC 2025 上發布，通過支持最新的 NVIDIA GPU 架構，并通過結合使用 Giraffe 和 DeepVariant 來改進對齊和變體識別，從而支持不斷增長的數據量。該版本還包括改進的功能，并縮短了跨多個行業領先工具 (包括 STAR、FQ2BAM 和 Minimap2) 的分析時間。 Parabricks v4.5 隨附用于基因組學和單細胞分析的全新 NVIDIA AI Blueprints，使生物信息學家和基因組學平臺提供商能夠輕松部署和測試 NVIDIA Parabricks 和 NVIDIA RAPIDS，而無需本地 GPU 或自管理云配置。通過擴展可訪問性，
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