Harry Clifford – NVIDIA 技術博客
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Thu, 12 Dec 2024 04:08:08 +0000
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借助 NVIDIA AI 基礎模型 VISTA-2D 推進細胞分割和形態分析
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/advancing-cell-segmentation-and-morphology-analysis-with-nvidia-ai-foundation-model-vista-2d/
Mon, 22 Apr 2024 04:39:27 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=9628
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基因組學研究人員使用不同的測序技術來更好地理解生物系統,包括單細胞和空間組學。與從細胞層面查看數據的單細胞不同,空間組學考慮了數據的位置,并考慮到用于分析的空間環境。 隨著基因組學研究人員尋求在組織層面跨多個組學對生物系統進行建模,空間組學領域正在推動一種新的范式,即在空間環境中詢問細胞的方法。大多數這些空間組學方法都依賴于成像,以便在不分離細胞與組織的情況下查看標記 (如光標記)。 這些標簽可以應用于不同的分子 (例如 RNA 和蛋白質),并保留其起源細胞的空間信息以及細胞在組織中的位置。這種成熟的細胞動力學建模方法正在推動對發展和疾病的新理解,并標志著研究人員激動人心的范式轉變。 NanoString 等空間組學提供商利用 NVIDIA GPU 并加速其 CosMx SMI 設備上的計算,以應對這些挑戰。空間組學技術 (CosMx 空間分子成像)…
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9628
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借助 GPU 加速和生成式 AI 加速多組分析
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/boost-multi-omics-analysis-with-gpu-acceleration-and-generative-ai/
Tue, 19 Mar 2024 06:28:52 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=9361
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NVIDIA Parabricks v4.3 在 NVIDIA GTC 2024 上發布,引入了新的工具和工作流程,為多種組學數據類型帶來了加速和新的 AI 技術。除了分析 DNA 和 RNA,您現在還可以利用 GPU 和生成式 AI 的強大功能,以高速和高精度分析甲基化、單細胞和空間組學工作負載。 Parabricks v4.3 還進一步優化了生殖細胞工具,并支持最新的 GPU 架構,進一步縮短了分析時間。 有一些技術使研究人員能夠在細胞層面理解組學,例如單細胞測序,并通過空間分辨率方法將這些數據放入組織環境中。這些技術作為一種為細胞和組織基礎的生物系統建模的方法越來越受歡迎。 這給行業帶來了一些新挑戰。 首先,單細胞和空間實驗所產生的數據規模正在飛速發展。單細胞圖譜項目已達到數百萬個細胞的數量級,而新一代空間組學儀器所產生的數據量約為 PB 級的成像數據。
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9361
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使用 NVIDIA BioNeMo 框架訓練用于藥物研發的生成式 AI 模型
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/train-generative-ai-models-for-drug-discovery-with-bionemo-framework/
Wed, 29 Nov 2023 06:09:38 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=8346
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NVIDIA BioNeMo 框架已發布,現可在 NGC 上下載,使研究人員能夠在藥物研發應用中構建和部署生成式 AI、大型語言模型 (LLM) 和基礎模型。 BioNeMo 平臺包括托管服務、API 端點和訓練框架,可簡化、加速和擴展用于藥物研發的生成式 AI.BioNeMo 能夠通過大規模端到端加速預訓練或微調先進的模型。它可作為 NVIDIA DGX 云上的完全托管服務和 NVIDIA Base Command 平臺,也可作為可下載的框架,用于部署本地基礎架構和各種云平臺。 這為藥物研發人員和開發者提供了一種快速輕松的方法,以便在從標識別到潛在客戶優化的整個藥物研發流程中構建和集成先進的 AI 應用。 NVIDIA BioNeMo 為多個領域的生成式 AI 模型提供優化。BioNeMo 框架 v1.0 提供優化的模型架構和工具,
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8346
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借助 NVIDIA Parabricks v4.2 加速任何測序器的基因組分析
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/accelerate-genomic-analysis-for-any-sequencer-with-parabricks-v4-2/
Mon, 30 Oct 2023 06:40:50 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=8081
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Parabricks 4.2 版現已發布,進一步推進了其使命,即在基因組學測序分析中提供前所未有的速度、成本效益和準確性。最新版本為 Oxford Nanopore 測序提供了新的加速工作流程(在精選圖像中),使 Parabricks 能夠在最新的 NVIDIA GPU 上運行,并進一步推進了 Parabricks 的加速深度學習變體識別計劃,以支持來自所有主要測序器類型的數據類型。 Parabricks v4.2 包含了升級的 WDL 和 NextFlow 工作流,這被視為部署 Parabricks 工具的最佳實踐。您可以在 Parabricks 工作流程 GitHub 庫中找到,包括短讀和長讀工作流。 最新版本的 Parabricks 提供更新的 Oxford Nanopore 種系工作流,可在 NVIDIA H100 GPU 上提供高速分析。
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8081
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使用 NVIDIA Parabricks ,通過深度學習加速整個外顯子組分析,降低 70% 的成本
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/accelerate-whole-exome-analysis-with-deep-learning-at-70-cost-reduction-using-nvidia-parabricks/
Mon, 15 May 2023 05:31:47 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=6980
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人類外顯子組是理解和治療遺傳疾病的關鍵。盡管外顯子組只占人類基因組的 1% 多一點,但它也包含大約85% 的已知變異具有顯著的疾病相關突變。這就是為什么涉及這些區域的提取和測序的全外顯子組測序在臨床研究和實踐中很受歡迎,其中優化準確性、運行時間和成本很重要。 這篇文章展示了 NVIDIA Parabricks,一套用于高通量數據的加速基因組分析應用程序可以用于外顯子組分析。 NVIDIA Parabricks 顯著降低了運行時間和分析成本,同時最大限度地提高了變體調用的準確性。整個外顯子組測序數據分析可以在 range of GPUs可在本地和每個主要的云提供商中使用。 UK Biobank,是世界上最全面的公開可用生物醫學數據資源,為 47 萬名參與者提供外顯子組數據,所有參與者都按 Regeneron Genetics Center…
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6980
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NVIDIA Parabricks 4.1 中的長讀測序工作流和更高吞吐量
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/long-read-sequencing-workflows-and-higher-throughputs-in-nvidia-parabricks-4-1/
Tue, 21 Mar 2023 07:30:23 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=6564
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即將發布的 NVIDIA Parabricks 是一套加速的基因組分析應用程序,它在加速測序比對和提高深度學習變體調用的準確性方面比以往任何時候都更進一步。該版本包括 PacBio 長讀數據的新工作流程,包括加速的 Minimap2 工具和谷歌的 DeepVariant ,用于對 PacBio 數據進行完整的 GPU 端到端分析。 NVIDIA Parabricks 可以免費使用,并提供付費企業支持選項。它包含各種優化的、基于人工智能的行業標準基因組工具,比基于 CPU 的工具提供高達 80 倍的加速,并將計算成本降低高達 50% 。與 CPU 上的約 24 小時相比,現在只需 16 分鐘即可分析 30 倍的全基因組,相當于每年在一臺服務器上分析多達 30000 個全基因組。 注冊以獲得 Parabricks 4.1 release 的通知,
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6564
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用 NVIDIA Clara Parabricks v4.0 大眾化和加速基因組測序分析
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/democratizing-and-accelerating-genome-sequencing-analysis-with-clara-parabricks-v4-0/
Wed, 21 Sep 2022 02:51:00 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=5242
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計算生物學領域依賴于快速、準確和易于使用的生物信息學工具。隨著下一代測序( NGS )的速度越來越快、成本越來越低,數據洪流正在出現,人們對可訪問、高通量、行業標準分析的需求日益增長。 2022 年 GTC ,我們宣布發布 NVIDIA Clara Parabricks v4.0 ,這對基因組研究人員和生物信息學家部署和擴展基因組測序分析管道的方式帶來了重大改進。 Clara Parabricks v4.0 現在可完全免費用于研發。這意味著比以往任何時候都更少的技術障礙,包括刪除以前版本的基因組分析軟件中存在的安裝腳本和企業許可服務器。 這也意味著大大簡化了部署,能夠在任何 NVIDIA 認證的系統上快速輕松地拉取和運行 Clara Parabricks Docker 容器,在本地或云中使用最為方便。 需要企業級技術和工程支持以支持其生產工作流的商業用戶,
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NVIDIA DGX A100 的超快速納米孔測序分析
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/boosting-ultra-rapid-nanopore-sequencing-analysis-on-nvidia-dgx-a100/
Tue, 22 Mar 2022 06:06:00 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=3419
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快速且經濟高效的全基因組測序和分析可以迅速為患有罕見或未診斷疾病的危重患者提供答案。最近在加速臨床測序方面取得的進展,例如創造世界紀錄 用于快速診斷的 DNA 測序技術 ,使我們離在臨床環境中進行全基因組基因診斷又近了一步。 斯坦福大學醫學院( Stanford University School of Medicine )、NVIDIA ( NVIDIA )、谷歌( Google )、 UCSC 和牛津納米孔技術( Oxford Nanopore Technologies , ONT )領導的一個團隊最近使用這項技術來識別與疾病相關的基因變異,這些變異在短短 7 小時 18 分鐘內就得到了診斷,結果于 2022 年 1 月發表在 新英格蘭醫學雜志 上。 這一創紀錄的端到端基因組工作流程依賴于創新技術和高性能計算。它利用長閱讀納米孔測序技術更好地分析結構變體。
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